兩者的創(chuàng)辦者不同：
民辦的本科高校由民辦企業(yè)事業(yè)組織、社會(huì)團(tuán)體及其他社會(huì)組織和公民個(gè)人創(chuàng)辦。
公辦的本科高校由國家政府部門創(chuàng)辦。
兩者的資金和經(jīng)費(fèi)來源不同：
民辦的本科高校的資金和經(jīng)費(fèi)來自私人經(jīng)費(fèi)，屬于非國家財(cái)政性教育經(jīng)費(fèi)。
公辦的本科高校的資金和經(jīng)費(fèi)基本全部來源于政府的財(cái)政撥款。