2002年，菏澤師范專科學校、菏澤教育學院、菏澤廣播電視大學3所學校合并，同時并入菏澤師范學校、菏澤農業學校，籌建菏澤學院。2004年，教育部正式批準更名為菏澤學院。2011年，單縣幼兒師范學校、鄆城幼兒師范學校并入菏澤學院。2017年，學校成為省級碩士培育建設單位。
截至2020年7月，學校建有4個校區，占地面積1436畝，建筑面積57.31萬平方米，教學科研儀器設備總值1.75億元，館藏紙質圖書215.74萬冊、期刊800余種；開設21個二級學院，開辦的本科專業63個；2018年，學校專科招生專業30個；共有全日制本專科在校生22317人，繼續教育在讀生2575人；有教職工1531人，專任教師1086人。