上海海關(guān)學院前身為創(chuàng)建于1953年的上海海關(guān)學校；1980年5月，經(jīng)國務(wù)院批準，升格為上海海關(guān)專科學校；1996年4月，原國家教委批準學院更名為上海海關(guān)高等專科學校；2007年3月，經(jīng)教育部批準，設(shè)立上海海關(guān)學院。2018年5月，學校獲批成為碩士學位授予單位。
截至2020年12月，學校校園占地面積521畝，下設(shè)蘇州分校，占地133畝，占地面積312250平方米，教學科研儀器設(shè)備總值8853.60萬元；設(shè)有8個教學院（系、部），設(shè)置10個本科專業(yè)，2個碩士專業(yè)學位授權(quán)點；學校教師總數(shù)147人，其中教授19人，在校生總規(guī)模為2710人。